Para começar, o verbo AGRADECER pode atuar como verbo transitivo direto, como verbo transitivo indireto ou como verbo transitivo direto e indireto, de acordo com os complementos verbais apresentados na construção da frase.
Ele é denominado transitivo direto sempre que o complemento verbal se referir a uma coisa. Já com a presença de dois complementos, este verbo atua como transitivo direto e indireto.
Dessa forma, ele é usado sem preposição quando o complemento se referir a coisas e com a preposição ‘a’ quando o complemento se referir a pessoas.
Explicando melhor, quando o objeto direto é representado pela coisa e o indireto pela pessoa, a regência do verbo exige a preposição “a”. Ou seja, agradecemos a alguém, que é objeto indireto, alguma coisa, que o objeto direto.
Não se usa as preposições "por", "pelo" ou o "pela" no modelo de regência do verbo AGRADECER, e sim a preposição "a".
Afinal, qual é o certo? A PREFERÊNCIA ou PELA PREFERÊNCIA
Dessa forma, por mais que seja comum encontrar o uso do tradicional "Agradecemos PELA PREFERÊNCIA", o correto é dizer “Agradecemos A PREFERÊNCIA”. 
Em alguns casos, a pessoa agradecida não é citada, como na frase: “Agradecemos A PREFERÊNCIA”.
Quando mencionada, ela também pode ser substituída pelo pronome lhe(s), como nos exemplos: “Agradecemos aos clientes a preferência” e “Agradecemos-lhes a preferência.”
Em resumo e para reforçar, a forma correta é “Agradecemos A PREFERÊNCIA” e não “Agradecemos PELA PREFERÊNCIA”. A explicação é simples: o correto é agradecer a alguém alguma coisa. Exemplo: Agradeço a Deus a graça recebida.
Agradecemos A PREFERÊNCIA não tem crase?
Outra dúvida recorrente quanto ao uso da frase “Agradecemos A PREFERÊNCIA”, é a colocação ou não da crase, que deixaria a escrita dessa forma: “Agradecemos À PREFERÊNCIA”.
Esse modelo está incorreto, pois quem agradece, agradece alguma coisa a alguém. E qual coisa? A PREFERÊNCIA, logo ficaria correto dizer “Agradecemos A PREFERÊNCIA”, sem o acento grave indicador de crase.
Já quando se agradece alguma coisa a alguém do sexo feminino, às mulheres, por exemplo, usa-se a crase em ‘as mulheres’.
Pois agradecemos alguma coisa (a preferência) a alguém (as mulheres), ou seja, a + as mulheres. Neste caso a forma correta de agradecimento é: “Agradecemos A PREFERÊNCIA às mulheres”
Mas o que é crase?
Crase é uma palavra de origem grega que significa mistura, fusão ou junção.
Na língua portuguesa, a crase indica a contração de duas vogais idênticas, mais precisamente, a fusão da preposição a com o artigo feminino a e com o a do início de pronomes (a + a).
Mesmo com a reforma ortográfica, nada mudou em relação ao uso da crase. Então sempre que houver junção dos elementos (preposição e um artigo ou pronome) a + a, usa-se o acento grave (`), que também é conhecido como acento indicador de crase.
Apesar as inúmeras explicações sobre o uso da crase, a regra por de um tanto confusa, mas pra dar uma forcinha, listamos abaixo algumas dicas. Confira!
- Usar crase apenas diante de palavras femininas. Exemplo: Agradecemos A PREFERÊNCIA às mulheres desta cidade.
- Usar crase em expressões que indiquem hora. Exemplo: A reunião deve ocorrer às 15h
- Usar crase antes de locuções adverbiais femininas que demonstram ideia de tempo, lugar e modo. Exemplo: Ela precisou sair às pressas da sala de aula.