A limpeza num laboratório deve ser rigorosa, uma vez que qualquer matéria estranha pode ser uma fonte de contaminação. É de fundamental importância manter uma atenção diária em relação à desinfecção do laboratório de Microbiologia. Esta visa eliminar qualquer interferência externa que possa influir na qualidade dos trabalhos desenvolvidos, assim como proteger o pessoal envolvido de qualquer contaminação ambiental. No início e término de cada trabalho prático, a superfície da bancada deve ser desinfetada. Podem ser usadas soluções de: