A gestão da PNSST será conduzida pelo Grupo Executivo Interministerial de Segurança e Saúde do Trabalhador (GEISAT), integrado, no mínimo, por representantes do Ministério do Trabalho e Emprego, do Ministério da Saúde, da FUNDACENTRO e do Ministério do Planejamento, Orçamento e Gestão.

Cabe ao Ministério da Saúde elaborar o plano de ação de segurança e saúde do trabalhador, cuja implementação fica a cargo do GEISAT.

Cabe à FUNDACENTRO formular e implementar as diretrizes e normas de atuação da área de segurança e saúde no trabalho.

Cabe ao Ministério do Trabalho e Emprego fiscalizar e inspecionar os ambientes do trabalho, com vistas à concessão e manutenção de benefícios por incapacidade.

Cabe ao Ministério da Previdência Social, em conjunto com o SUS, avaliar a relação entre as condições de trabalho e os agravos à saúde dos trabalhadores.