O Ministério Público junto ao Tribunal de Contas da União qualifica-se como órgão estatal dotado de identidade e de fisionomia próprias. Por estar vinculado ao TCU, são inaplicáveis a seus membros os direitos e as vedações constitucionalmente previstos para o Ministério Público da União e dos estados.

O procurador-geral da República pode ser destituído por iniciativa do presidente da República, dependendo, contudo, de prévia autorização da maioria absoluta do Senado Federal.

Os membros do Ministério Público estão proibidos de exercer atividade político-partidária, salvo as exceções previstas em lei, e de exercer, ainda que em disponibilidade, qualquer outra função, pública ou privada.

Cabem à Advocacia-Geral da União, como instituição que representa a União, judicial e extrajudicialmente, as atividades de consultoria e assessoramento jurídico dos poderes da República.

A Constituição Federal estabelece, de forma taxativa, as garantias, os impedimentos e as funções institucionais do Ministério Público.