As técnicas de sanitização ou esterilização devem ser consideradas durante o planejamento do projeto do sistema; seu desempenho deve ser comprovado durante as atividades de qualificação.

Sistemas que funcionam mantidos em temperaturas na faixa de 30-40° C, geralmente são menos suscetíveis à contaminação microbiológica do que os sistemas mantidos em temperaturas mais elevadas.

O equipamento de tratamento da água deve funcionar continuamente por períodos significativos de tempo, para evitar ineficiência e desgaste; tal fato ocorre quando o equipamento é ligado e desligado com frequência.

Quando são exigidas temperaturas mais baixas devido aos processos de tratamento empregados com exigência de temperatura para a água em uso, devem ser efetuadas precauções especiais, a fim de evitar o ingresso e a proliferação de contaminantes microbiológicos.

Os equipamentos de tratamento de água e os sistemas de armazenamento e distribuição utilizados para água purificada e água para injetáveis devem ser projetados, a fim de impedir a contaminação microbiológica durante o uso, bem como proporcionar o emprego de técnicas de sanitização ou esterilização do sistema após intervenções para manutenção ou modificação.