Através da redução da turbulência da água pelas macrófitas, observa-se, na região litorânea dos corpos d’água, o chamado efeito de “filtro”, que compreende a sedimentação de grande parte do material de origem alóctone.

Devido à baixa taxa de produtividade primária, em especial das macrófitas aquáticas emersas, estes vegetais podem se constituir em uma das comunidades que menos contribui com produção de matéria orgânica em todo o ecossistema aquático.

As comunidades de macrófitas aquáticas são de grande importância nas cadeias de herbivoria e detritívora de muitas espécies de animais, tanto aquáticos quanto terrestres. Além disso, são utilizadas como substrato para a desova e como refúgio por vários organismos.

As macrófitas aquáticas, notadamente as enraizadas, através do chamado efeito de “bombeamento”, são de fundamental importância na ciclagem de nutrientes nos corpos d’água. As raízes absorvem os nutrientes das partes profundas do sedimento, onde não estariam disponíveis para as outras comunidades e os liberam, posteriormente, para a coluna d’água por excreção ou durante a decomposição da biomassa.