O Código de Trânsito Brasileiro estabelece que é competência municipal:

Vamos conversar sobre a competência municipal no Código de Trânsito Brasileiro (CTB). Essa questão aborda justamente a divisão das funções entre os órgãos de trânsito federais, estaduais e municipais. A competência municipal está ligada, principalmente, ao trânsito dentro do perímetro urbano, ou seja, dentro das cidades. Isso acontece porque o município é responsável pela organização e fiscalização do trânsito das vias urbanas para garantir a segurança e a fluidez dentro das cidades.

Analisando as alternativas:
A) Administrar o Registro Nacional de Condutores Habilitados é uma atribuição do Departamento Nacional de Trânsito (DENATRAN), órgão federal, portanto não é municipal.
B) Aplicar multas em rodovias federais é competência da polícia rodoviária federal, não do município.
C) Realizar perícia de acidentes envolvendo veículos interestaduais é uma atividade geralmente feita por órgãos estaduais ou federais, não pelo município.
D) Executar a fiscalização de trânsito nas vias urbanas faz parte da competência municipal, porque o município é responsavel pelo trânsito local.
E) Emitir documentação de veículos também é atribuição dos órgãos estaduais, geralmente os DETRANs, e não do município.

Assim, a alternativa correta é a letra D.