São passíveis de auditoria somente as entidades da administração direta e indireta, as fundações e as autarquias, ou seja, as entidades que pertencem à administração pública.

O objetivo primordial da auditoria governamental é exercer o controle prévio da aplicação dos recursos públicos.

Quando um ente público é omisso no dever de prestar contas e contra ele é instaurado processo de tomada de contas especial, a auditoria deve ser realizada pelo sistema de controle interno do Poder Executivo.

É atribuição da auditoria governamental comprovar a legalidade e legitimidade dos fatos administrativos; comprovar a legalidade e legitimidade dos atos administrativos fica a cargo dos tribunais de contas.

A auditoria do sistema de controle interno, no Poder Executivo federal, classifica-se em contábil, operacional, especial e de desempenho.