De acordo com o Ministério da Saúde, deve-se continuar a vacinação para doenças erradicadas, uma vez que elas poderão reaparecer sob a forma de epidemias, como ocorreu com a poliomielite em 1970.

No Brasil, a excelência e eficiência do PNI deve-se ao fato de que o financiamento público tem sido incrementado com empréstimos de organismos internacionais e doações da iniciativa privada.

Embora raros, os eventos adversos locais provenientes da vacina BCG-ID são decorrentes, majoritariamente, do tipo de cepa utilizada.

As ações de imunização nas populações indígenas e ribeirinhas são restringidas, a cada ano, devido à reduzida capacidade das instalações nas áreas de difícil acesso geográfico.

O Brasil, país autossuficiente na produção de vacinas, utiliza apenas 30% das vacinas que produz.