A limpeza dos instrumentais pode ser manual ou mecânica, sendo que a manual diminui a exposição dos profissionais aos riscos ocupacionais de origem biológica.

A corrosão de determinados instrumentais pode ser prevenida com a utilização de leite mineral hidrossolúvel ou de produtos similares como a solução aquosa de nitrito de sódio a 1%.

A limpeza é um processo físico ou químico que tem como objetivo eliminar a maioria dos microrganismos patogênicos de objetos inanimados.

O uso de desinfetantes não assegura a eliminação de todos os patógenos, elimina apenas os esporos bacterianos.