Do ponto de vista da estrutura trófica, um ecossistema apresenta duas camadas: uma inferior, denominada estrato autotrófico, e uma superior, denominada estrato heterotrófico.

Fagótrofos correspondem a organismos autotróficos, principalmente animais, que ingerem outros organismos ou matéria orgânica particulada.

Produtores são organismos heterotróficos, constituídos na maior parte por plantas verdes que podem produzir alimento de substâncias inorgânicas simples.

Os saprófagos são organismos que se alimentam de matéria orgânica morta.

Um ecótono é criado pela justaposição de habitats ou tipos de ecossistemas iguais.