As Regras de Tóquio, em virtude do princípio da presunção de inocência, são aplicáveis apenas a cidadãos com condenação criminal transitada em julgado, a fim de estimular a conversão das penas privativas de liberdade em restritivas de direitos.

Estritamente de acordo com as Regras de Tóquio, os processos de natureza criminal devem ser públicos, a fim de reduzir o risco da aplicação de sanções ilegais e abusivas por parte dos órgãos estatais.

As Regras de Tóquio estimulam, à luz da legislação de cada país, a negociação entre o investigado e o Ministério Público, com a finalidade de evitar o ajuizamento de ação penal e, no caso de infrações de menor potencial ofensivo, de aplicar medidas não privativas da liberdade.

No caso de a medida não privativa de liberdade resultar em insucesso, a consequência deve ser, em conformidade com as Regras de Tóquio, a decretação da prisão do delinquente, após decisão judicial e desde que respeitado o princípio do contraditório.

Consoante as Regras de Tóquio, há diversas medidas possíveis de caráter não restritivo da liberdade, tais como a pena pecuniária, a indenização da vítima, a vigilância judiciária e a prestação de serviços à comunidade, mas não é permitida a aplicação cumulativa dessas medidas, a fim de evitar sanção desproporcional do réu.