Tomcat é um servidor de aplicações completo baseado na plataforma J2EE.

JBoss pode funcionar integrado a um servidor web dedicado, tal como Apache httpd ou Microsoft IIS.

Tomcat implementa conteiner EJB.

No Jboss todos os módulos que compõem o servidor, além das próprias aplicações, são componentes que podem ser substituídos sem a necessidade de paradas no servidor.

JBoss é um conteiner Web, que utiliza parte da plataforma corporativa Java EE para implementar funcionalidades em Servlet e JSP.