Cirurgia contaminada refere-se à cirurgia em sítio densamente colonizado com a flora humana normal ou quando ocorre intercorrência durante a cirurgia a partir destes sítios, por exemplo, ruptura acidental de alça intestinal. As práticas e os cuidados na sala de operação são os mesmos que se utilizam em cirurgias limpas, acrescidas dos seguintes itens:
I. O saco plástico da lixeira deve ser trocado no mínimo duas vezes durante a cirurgia.
II. Deve haver barreira de proteção obrigatória entre o paciente e o local da cirurgia.
III. Todos os materiais fixos do bloco cirúrgico devem sofrer esterilização após a cirurgia.