Entre as causas da Revolta da Vacina (1904), encontram-se

a) as medidas autoritárias tomadas pelo governo estadual no processo de higienização da cidade e as revoltas sociais causadas pelo “encilhamento”, política econômica que provocou inflação, falências e desemprego no começo da República.

b) a indignação popular causada pela repressão ao levante dos marinheiros negros contrários aos castigos corporais nos navios da Marinha de Guerra, e as barricadas urbanas decorrentes da intervenção policial nos morros cariocas, em perseguição aos capoeiras.

c) a imposição de regras de moradia popular, com base na política sanitarista vigente, e a rebelião popular organizada pelo partido monarquista, que acusava a República emergente de anticonstitucionalismo e militarismo.

d) as tensões sociais urbanas causadas pelo deslocamento de populações pobres do centro por causa das reformas urbanísticas do Rio de Janeiro e as tensões políticas envolvendo grupos positivistas e liberais na Primeira República.

e) a insatisfação dos cariocas com a tentativa de golpe militar pelos partidários do Presidente Prudente de Moraes, e a reação popular causada pela obrigatoriedade da vacinação contra a Febre Amarela, extensiva a todos os bairros da cidade.