Por força do princípio da separação de poderes, um membro do Ministério Público Federal não pode investigar atos praticados pela direção do Ministério das Relações Exteriores.

O Ministério Público é o titular da ação penal pública; somente em casos de crimes de menor expressão é que a ação penal pública pode ser proposta por autoridade policial

O procurador-geral da República é subordinado hierarquicamente ao ministro da Justiça.

Qualquer membro do Ministério Público deve suspender investigação que esteja em curso, se receber ordem do presidente da República nesse sentido.

O Ministério Público é legitimado para defender em juízo direitos e interesses de populações indígenas no Brasil.