A transmissão congênita ocorre normalmente na fase aguda da doença, ou no caso de ter havido reagudização da doença crônica durante a gravidez.

A produção de imunoglobulinas da classe IgG aparece inicialmente seguida da produção IgM, após a infecção do hospedeiro pelo Toxoplasma.

A pesquisa de IgG em recém-nascidos é utilizada para o diagnóstico da toxoplasmose congênita, pois devido ao seu tamanho não atravessa a placenta e indica a produção pelo próprio feto.

A demonstração do parasito é a técnica mais utilizada para detecção da doença em exames de rotina de pré-natal.