O farmacêutico é o único profissional responsável por estabelecer a politica de seleção e utilização de antimicrobianos o que corrobora para o uso racional dos antimicrobianos.

É de responsabilidade do farmacêutico a identificação e notificação de reações adversas e acompanhamento da devolução das doses não administradas de antimicrobianos.

Com a aplicação do sistema de distribuição de medicamentos do tipo coletivo, sabe-se quanto e de que maneira os antimicrobianos estão sendo utilizados, permitindo criar mecanismos capazes de auxiliar no controle rotineiro de seu uso em hospitais.

O farmacêutico participa da elaboração de protocolos clínicos para o uso terapêutico de antimicrobianos, porém os protocolos de profilaxia antibiótica são de responsabilidade apenas das equipes cirúrgicas.