Os responsáveis pelo controle interno das entidades da administração pública estadual e municipal, ao tomarem conhecimento de qualquer irregularidade ou ilegalidade, darão conhecimento somente ao titular do órgão/ entidade, não sendo necessário dar conhecimento ao Tribunal de Contas.

Compete ao sistema de controle interno avaliar o cumprimento das metas previstas no Plano Plurianual, a execução de programas de governo e dos orçamentos do Estado.

Compete ao sistema de controle interno comprovar a legalidade e avaliar os resultados, quanto à eficácia e eficiência das gestões orçamentária, financeira e patrimonial, nos órgãos e entidades da administração estadual, bem como da aplicação de recursos públicos por entidades de direito privado.

Deve exercer o controle das operações de crédito, avais e outras garantias, bem como dos direitos e haveres do Estado.

Deve apoiar o controle externo no exercício de sua missão institucional.