O prontuário médico-hospitalar é um documento referente à assistência médica prestada ao paciente e sua análise deve ser de competência exclusiva dos médicos e da equipe de saúde.

Os profissionais envolvidos na auditoria estão sujeitos ao segredo profissional em obediência aos respectivos códigos de ética.

Visto que o prontuário médico contém registros importantes da vida nosológica do paciente, deverá ser sempre examinado no seu local de arquivo (nas dependências do prestador de serviço) de acordo com resolução do Conselho Federal de Medicina (CFM).

É permitido ao auditor solicitar cópia de documentos relevantes ao processo, bem como do prontuário do paciente se houver indícios de irregularidades, exclusivamente para fins de instrução da auditoria.

Todo prontuário médico deverá ser arquivado no mínimo por 20 anos e, nos casos de hospitais maternidade, os prontuários de parto deverão ser arquivados por 21 anos, conforme estabelecido no Estatuto da Criança e do Adolescente. Decorrido esses prazos, os originais podem ser substituídos por métodos de registro capazes de assegurar a restauração plena das informações nele contidas.