Para garantir isonomia de direitos trabalhistas, os encargos sociais são os mesmos para cada região do país, devendo ser calculados pela mediana nacional de valores cotados.

O sistema se limita a uma cotação de preços de insumos e mão de obra dos principais serviços de engenharia.

Sendo um sistema de custos desenvolvido e gerido por um banco, o SINAPI não é adequado como referência de preços para obras públicas.

No SINAPI, consideram-se, na composição dos encargos sociais de natureza indenizatória, férias e aviso prévio indenizado.

Por servir como referência de preços para licitação de obras, as informações do SINAPI são sigilosas e restritas aos órgãos públicos.