A espectrometria de massa está baseada na fragmentação e deionização de moléculas.

Antes da detecção e quantificação por espectrometria de massa, um componente deve ser isolado em cromatografia de camada delgada.

Um sistema típico de espectrometria de massa é composto por uma válvula de entrada, uma unidade de fonte deionizadora e o analisador de massa.

Quando o espectrômetro é parte do cromatógrafo a gás, a válvula de entrada deve ser aquecida para manter os componentes voláteis no estado de vapor.

A fonte deionizadora é mantida sob alta temperatura e vácuo, para fornecer boas condições para a deionização.