Na eletroforese capilar, a aplicação de um campo elétrico a um tubo capilar contendo um líquido condutor tem ampliado a sua utilização na indústria farmacêutica.

A eletroforese capilar em solução livre é empregada na análise de solutos iônicos que diferem em suas razões carga/raio

A eletroforese capilar é a modalidade de eletroforese mais utilizada porque se adequada para a separação de solutos iônicos, os quais incluem ânions e cátions inorgânicos, ácidos e aminas orgânicos e ainda macromoléculas como proteínas.

As moléculas que apresentam a mesma carga e mesmos raios iônicos podem ser separados por eletroforese capilar.

Na eletroforese capilar a amostra é introduzida na extremidade anódica do tubo e, ao ser aplicada uma diferença de potencial entre as extremidades da coluna, os íons migram através do tubo com diferentes velocidades e em diferentes sentidos.