Gabarito: a)

Reescrita: Embora tenha havido avanços, os números indicam que as desigualdades hoje se manifestam dentro da escola.

A alternativa correta mantém o sentido original da frase ao utilizar o verbo "tenha havido" no sentido de indicar uma ação que ocorreu no passado e que está relacionada aos avanços mencionados. As demais opções não estão de acordo com a norma culta da língua portuguesa.