No Sul catarinense, além da exploração de carvão, que deixou marcas na paisagem natural, atualmente a expansão da rizicultura tem provocado danos aos meios hídricos da região, pelo uso de água das bacias hidrográficas.

Do Vale do Rio do Peixe em direção à fronteira com a República da Argentina, conhecida como o espaço agroindustrial, a degradação das bacias hidrográficas é marcada pelo lançamento de dejetos suínos e dos resultantes das atividades agroindustriais.

Na região da Grande Florianópolis, como não existem grandes concentrações industriais, a degradação ambiental é pequena, haja vista que a atividade turística, em plena expansão, não provoca danos ambientais.

As formações lacustres do estado (lagoas, lagunas, etc) apresentam grandes danos ambientais. A degradação dessas formações naturais tem alterado, muitas vezes, a economia das populações que delas tiram sua subsistência.