As principais diferenças entre modelos funcionais e protótipos estão no dimensionamento. Os protótipos necessariamente são produzidos em escala natural, enquanto os modelos funcionais poderão apresentar escalas diferenciadas (redução ou ampliação) desde que situações existentes em projeto.

Os modelos funcionais se destinam a avaliações laboratoriais, mesmo assim são confeccionados utilizando dimensões, materiais e mecanismos idênticos aos especificados em projeto. Os protótipos são modelos de série, escolhidos de maneira aleatória para avaliação em condições reais de uso ou testes de qualidade.

Os protótipos se destinam à realização de ensaios mecânicos laboratoriais e, normalmente, são originários da produção piloto. Logo, se apresentam idênticos aos modelos de série, enquanto os modelos funcionais possuem como características a simulação de materiais, dimensões e uso durante o desenvolvimento do projeto de produto.

Protótipos são modelos em escala natural produzidos com materiais idênticos aos especificados em projeto, tendo como finalidade avaliar a eficiência técnica do produto. Os modelos funcionais são confeccionados com materiais e soluções diferentes das especificadas no projeto e visam avaliar aspectos dimensionais, estéticos e usuais.

Basicamente, os modelos funcionais e os protótipos não apresentam muitas diferenças. A principal está relacionada às especificações e estágio de desenvolvimento dos projetos. Enquanto os protótipos são modelos de testes finais para ajustes finos no produto, os modelos funcionais são intermediários destinados à análise de desempenhos específicos.