Nos municípios, os serviços de vigilância sanitária são exercidos por órgãos estaduais.

O Sistema é composto exclusivamente pela Agência Nacional de Vigilância Sanitária que é o órgão responsável por todas as suas atividades.

Os estados brasileiros contam, cada um, com laboratórios que dão suporte às ações de vigilância sanitária, com diferenças de capacidade técnica e analítica.

O Laboratório Central em Saúde Pública (Lacen) tem sua sede em Brasília e é o responsável por todas as ações de vigilância no país com diagnóstico laboratorial de doenças causadas pelo consumo de água e alimentos contaminados.