Em uma query simples que realiza apenas um join entre duas tabelas, o comando where, ao final da query, realizaria a filtragem dos registros ainda nas tabelas originais, enquanto o comando having, ao final da query, realizaria a filtragem dos registros a partir da tabela resultante.

A utilização dos comandos where e having deve sempre ocorrer de forma conjunta: se um desses comandos for utilizado em uma query, essa mesma query também deverá possuir o outro comando.

É impossível a utilização do comando where em queries que possuam o comando group by, o que resulta em um erro de sintaxe. Nessa situação, deve-se utilizar o comando having.

O comando having é sempre mais performático do que o where.

Ambos os comandos são intercambiáveis, possuindo exatamente o mesmo comportamento em qualquer situação. A criação dos dois termos com nomenclaturas diferentes se deu para que fosse possível escrever queries mais curtas quando for necessário.