É um dos seus princípios compreender a Assistência Farmacêutica como política pública norteadora para a formulação de políticas setoriais, garantindo a intersetorialidade inerente ao sistema de saúde do país.

A utilização da Relação Nacional de Medicamentos Essenciais (RENAME) como instrumento racionalizador das ações no âmbito da assistência farmacêutica é um eixo estratégico da PNAF.

É princípio da PNAF a construção de uma Política de Vigilância Sanitária que garanta o acesso da população a serviços e produtos seguros, eficazes e com qualidade.

A interação direta do farmacêutico com o usuário faz parte dos princípios basilares da PNAF, visando uma farmacoterapia racional e a obtenção de resultados definidos e mensuráveis, voltados para a melhoria da qualidade de vida.