O Vigiagro é responsável exclusivamente pela fiscalização interna dos produtos agropecuários dentro do território nacional, sem envolvimento com o trânsito internacional.

O Vigiagro deve priorizar a intervenção coordenada com outros órgãos da administração pública apenas em casos de emergência.

Um dos princípios que orientam o funcionamento do Vigiagro é a facilitação do comércio internacional seguro de produtos de interesse agropecuário.

A transparência e previsibilidade das ações do Vigiagro são secundárias em relação à agilidade e eficiência na tomada de decisão.

A prevenção e mitigação de riscos ao país não são uma prioridade para o Vigiagro, sendo mais focado na simplificação dos procedimentos de fiscalização.