“Uma noite destas, vindo da cidade para o Engenho Novo...

A alternativa correta é a D ✅
O trecho original está correto tal como foi escrito por Machado de Assis. A questão, porém, pergunta qual afirmação sobre ele está correta, não qual corrige um erro inexistente.

Análise das alternativas
A) ❌ “destas” → “dessas”
“Uma noite destas” está correto: trata-se de um uso deíctico, ligado ao tempo do enunciador. Não há erro.

B) ❌ “vindo” → “quando vinha”
O gerúndio “vindo da cidade” tem valor temporal e é perfeitamente adequado no registro literário.

C) ❌ “para o” → “ao”
“Para o Engenho Novo” indica direção, enquanto “ao Engenho Novo” indicaria chegada. A troca altera o sentido, não corrige erro.

D) ✅ “no trem da Central” poderia estar entre vírgulas
Correto. Trata-se de um adjunto adverbial de lugar, que pode ser deslocado e isolado por vírgulas sem prejuízo gramatical:
“… encontrei, no trem da Central, um rapaz…”

E) ❌ o pronome “eu” deveria ser omitido
Embora o português permita sujeito oculto, o uso explícito de “eu” é estilístico e plenamente correto no texto literário.