Na urina de 24 horas, é necessário orientar para iniciar o período de coleta com a bexiga vazia e terminá-la também com a bexiga vazia. Ou seja, na manhã do primeiro dia, o paciente urina e descarta a amostra e, em seguida, colhe toda urina nas próximas 24 horas.

Para urocultura em mulher adulta, é necessário fazer a higiene da genitália usando água e sabão neutro. Em seguida, com uma das mãos, afastar os grandes lábios e com a outra segurar o frasco estéril já destapado e colher de 4 a 8 mL de urina sem desprezar o primeiro jato.

Para pesquisa de elementos anormais e sedimentos (EAS) é necessário, após a higienização dos genitais externos com água e sabão neutro, orientar o paciente para urinar, desprezando o primeiro jato. Deve-se evitar colher a primeira micção da manhã.

Em crianças, a coleta de urina para urocultura se dá com auxílio do saco coletor. Após realizar antissepsia da região genital, fixa-se o orifício do saco coletor em torno da uretra e aguarda-se a criança urinar. Se a criança não urinar no período de duas horas, deve-se repetir a higiene e trocar o saco coletor.

Para dosagem de Beta-HCG na urina, a amostra preferencialmente utilizada é a primeira urina da manhã; contudo, pode-se utilizar outra amostra de qualquer período do dia, desde que se tenha ingerido muito líquido com um intervalo de no mínimo uma hora da última micção.