No que concerne à incompetência do juízo, o Código de Processo Penal Militar determina que

a) a exceção de incompetência deverá ser oposta por escrito, logo após a qualificação do acusado.
b) o órgão do Ministério Público poderá alegar a incompetência do juízo, antes de oferecer a denúncia.
c) alegada a incompetência do juízo, será dada vista dos autos à parte contrária, para que diga sobre a arguição, no prazo de 5 (cinco) dias.
d) o juiz somente poderá reconhecer a existência de causa que o torne incompetente até o recebimento da denúncia.
e) após a alegação de incompetência do juízo, os autos deverão ser remetidos imediatamente ao Tribunal de Justiça Militar.