“À primeira vista, pode parecer estranho pensar em ônus da prova na execução penal. A questão do ônus da prova nada mais é do que a necessidade de uma solução para a dúvida do juiz, que normalmente aparece nos processo em que se pleiteia uma tutela de conhecimento. (...) Na execução penal esta atividade será basicamente a submissão do condenado à expiação da pena. Na pena privativa de liberdade haverá a privação de tal direito durante o tempo fixado na sentença condenatória transitada em julgado. Na pena restritiva de direitos, a constrição de outros direitos do acusado e mesmo da própria liberdade. Na pena de multa haverá restrição do patrimônio. Contudo, não se pode negar que, durante a execução da pena, muitas vezes, o juiz é chamado a exercer atividade tipicamente cognitiva” (BADARÓ, Gustavo Henrique Righi Ivahy. Ônus da prova no processo penal . São Paulo: Revista dos Tribunais, 2003, p. 406/407). Não se desconhece que ao longo do cumprimento da pena, pode surgir uma série de incidentes da execução, em relação aos quais o juiz será chamado a decidir. E, sempre que um juiz é chamado a decidir, não há como afastar a possibilidade de que um fato relevante para a decisão não tenha sido suficientemente comprovado. Assim, quanto ao ônus da prova na execução penal, não havendo qualquer disciplina específica para a resolução da dúvida sobre o fato relevante em sede de execução penal:
a) seria possível, tecnicamente, afirmar que o ônus da prova do fato constitutivo caberia ao autor, ainda que nas hipóteses de instauração ex officio do processo;
b) aplica-se a regra geral do art. 156 do CPP, segundo a qual o ônus da prova do fato constitutivo incumbe a quem alega;
c) a decisão judicial deve ser tomada segundo o favor rei , enquanto princípio geral informativo do processo penal;
d) o ônus da prova deverá ser repartido entre os sujeitos processuais, devendo o juiz usar seus poderes gerais para solucionar suas dúvidas;
e) o ônus da prova deverá ser repartido entre os sujeitos processuais, devendo o problema ser resolvido segundo a regra do interesse processual.