Protocolo é o setor encarregado do recebimento e da expedição de documentos. É o responsável, também, pelo arquivamento, que consiste em definir o tipo de armazenamento correto (pasta, caixa, prateleira) para a guarda de cada documento, segundo o suporte (papel, filme, fita magnética) e o formato (caderno, mapa, fotografia).

Uma das atividades realizadas pelo serviço de protocolo é a classificação de documentos, no caso de instituições que possuam um código ou plano de classificação de documentos.

Quando um setor acumula muitos documentos que não são mais utilizados, as eventuais buscas tornam-se demoradas e pouco eficientes; por esse motivo, tal setor deve escolher os documentos considerados importantes para conservar junto aos que ainda estão em curso e destruir o restante.

A abertura de um processo denomina-se autuação. O processo é formado por um ou mais documentos que exijam estudos e(ou) procedimentos expressos em despachos, pareceres técnicos, instruções, entre outros.

A formação de processo deve incluir as seguintes ações: prender toda a documentação dentro de uma capa, obedecendo à ordem cronológica do documento mais antigo para o mais recente; colocar uma etiqueta na capa com o número de protocolo; numerar as folhas do processo em ordem crescente e sem rasuras; identificar, na capa, a unidade para a qual o processo será encaminhado.

A autuação do processo deve ser feita, preferencialmente, a partir de um documento original; no entanto, pode-se utilizar uma cópia de documento, autenticada por alguém dotado de fé pública. Documentos transmitidos por fax, entretanto, não podem constituir peças de processo.

Documento classificado como reservado, confidencial ou secreto não pode ser processado no setor de protocolo, devendo ser enviado diretamente à presidência do órgão ou entidade, que é o único setor autorizado a manipular documentos com qualquer classificação de sigilo.