As exceções dilatórias e peremptórias objetivam estancar definitivamente o curso da ação penal, pondo fim à relação jurídica processual, por faltar alguma condição da ação ou pressuposto processual.

A decisão acerca da interdição do réu, ainda que prolatada pelo juízo cível competente, por tratar de questão que envolve o estado civil da pessoa, faz coisa julgada na esfera criminal e obsta a instauração do incidente de insanidade mental no juízo criminal, por ser matéria que não pode mais ser discutida nessa esfera.

A exceção da verdade no crime de calúnia é questão prejudicial homogênea, própria ou perfeita.

Na apuração do crime de peculato, o ajuizamento de ação de improbidade pelos mesmos fatos constitui questão prejudicial heterogênea, o que impõe ao juízo criminal a suspensão do processo.

As exceções, defesas indiretas de mérito, são autuadas em autos apartados e não suspendem a tramitação do feito, devendo ser julgadas pelo próprio juízo criminal do processo principal.