O FUNAM foi criado em substituição ao Fundo de Melhoria e Gestão de Parques (PROPARQUES).

O Conselho de Administração do FUNAM será presidido pelo Secretário de Estado de Desenvolvimento Urbano e Meio Ambiente.

O Conselho de Administração do FUNAM tem como finalidade aprovar a proposta anual de orçamento.

O Conselho de Administração do FUNAM tem como um de seus membros o Presidente o Instituto Brasília Ambiental.

A sociedade civil terá seu representante no FUNAM, que será o mesmo representante dos órgãos vinculados à Secretaria de Estado de Desenvolvimento Urbano e Meio Ambiente.