Ao se empregar a biorremediação, espera-se obter a decomposição da matéria orgânica poluente por meio do uso de agentes químicos.

Em estudos envolvendo o isolamento de microrganismos que podem ser importantes como biorremediadores, são empregados meios seletivos para fungos e enterobactérias, bem como meios ricos, com ou sem a adição de ágar e de tioglicolato, com o intuito de se levantar a gama de microrganismos que colonizam resíduos orgânicos, principalmente de origem industrial.

Uma das grandes restrições ao uso da biorremediação está no fato de que, uma vez estimulada sua proliferação, os microrganismos biorremediadores não retornam aos níveis normais após a recuperação das áreas atingidas.

A biorremediação é uma alternativa bastante promissora para a recuperação de áreas degradadas, no entanto seus custos são mais elevados do que os métodos convencionais de descontaminação e tratamento de resíduos industriais.

Para a eficiência do processo de biorremediação as condições ambientais não são relevantes, mas sim se o contaminante está disponível ao ataque do agente biorremediador.