São áreas normalmente estéreis do corpo humano: trato respiratório, após as cordas vocais, seios nasais e paranasais, fígado e outras vísceras, ossos, articulações, músculos, sangue e outros tecidos, líquor, líquidos pleural, peritonial, sinovial e pericárdico.

A microbiota transitória tem como função impedir a colonização por patógenos do meio externo e o possível desenvolvimento de doença por meio de interferência bacteriana e de ajudar na absorção de nutrientes.

A microbiota residente é composta por microrganismos não patogênicos ou potencialmente patogênicos que permanecem na pele ou mucosa por horas, dias ou semanas, provenientes do meio externo, não provocando doença e não se estabelecendo em definitivo na superfície corporal.

A Família Enterobacteriaceae é constituída de espécies bacterianas que habitam normalmente o intestino grosso, sendo incapazes de causar danos a seu hospedeiro, enquanto estiverem restritas ao trato intestinal.

A pele apresenta uma microbiota residente bem definida e constante, sendo Sthaphilococcus aureus o microrganismo mais frequente.