A metagenômica não permite analisar a diversidade microbiana, uma vez que os métodos utilizados nesse tipo de análise dependem do isolamento e do cultivo de cada espécie microbiana presente em uma população microbiana, o que possibilita o fornecimento de material genético suficiente para a análise de sequenciamento gênico.

Os motivos que fazem a diversidade microbiana ser considerada como de pouco valor pericial incluem a pouca variação de microrganismos entre diferentes hábitats, e o fato de que as variações em abundância e em diversidade ao longo do ano, dentro do mesmo hábitat, são desconsideráveis.

O método de enriquecimento é comumente empregado para tentar isolar determinado microrganismo de uma comunidade microbiana ou microbiota, mas esse método pode apresentar distorção quando microrganismos de crescimento mais rápido esgotam o meio de cultura ou inibem microrganismos de crescimento lento, o que pode gerar falso resultado entre diversidade e abundância.

Independentemente dos métodos utilizados para isolar e enriquecer uma cultura microbiana, os resultados finais refletirão a diversidade da amostra e do hábitat natural, pois os meios de cultivo fornecem as condições nutricionais necessárias para o crescimento microbiano.

Os métodos de análise de diversidade e de abundância microbiana independentes de cultivo não são capazes de identificar as espécies microbianas presentes em uma população microbiana, pois as colorações são inespecíficas.