O manejo de espécies em áreas protegidas é realizado mediante isolamento completo das populações que sejam da mesma espécie, para impedir que elas se reproduzam.

Para aumentar a diversidade genética, deve-se parear indivíduos de biomas diferentes.

Indivíduos procedentes de regiões geográficas próximas devem ser pareados para se manter o perfil genético dos animais o mais próximo possível do perfil genético da espécie na natureza, evitando-se cruzamentos entre subespécies diferentes.

Para o manejo reprodutivo, deve-se viabilizar a reprodução ex-situ de toda e qualquer espécie da fauna brasileira.

O pareamento de animais com perfil genético semelhante deve ser evitado.