As relações de trabalho nas agências reguladoras são regidas pela CLT e geridas por um conselho diretor cujos membros são escolhidos pelo presidente da República e por ele nomeados, após aprovação pelo Senado Federal.

Apenas a ANATEL e a ANP são previstas constitucionalmente e, por isso, dispõem de independência administrativa e autonomia financeira, não se sujeitam a subordinação hierárquica, tendo seus dirigentes mandato fixo e estabilidade, prerrogativas que as demais agências reguladoras não possuem.

A função primordial das agências reguladoras e das agências executivas consiste no exercício do controle sobre particulares prestadores de serviços públicos.

A qualificação de autarquia ou fundação como agência executiva dar-se-á por ato do presidente da República.

Diferentemente das agências reguladoras, as agências executivas não dispõem de autonomia de gestão.