A Fortaleza de São José do Macapá teve um importante papel

a) na defesa do Amapá de ataques piratas que ocorriam com frequência em toda a região, por acesso fluvial, no século XVII.
b) na estruturação da defesa da região amazônica, conforme projeto concebido por Marquês de Pombal.
c) na garantia da segurança dos primeiros habitantes de Macapá, que moravam nas dependências da fortaleza para se protegerem dos ataques indígenas.
d) no estabelecimento da missão que deu origem à cidade, uma vez que foi construída por solicitação da Companhia de Jesus ao rei Dom João VI.
e) nos primeiros conflitos entre Brasil e França, no século XVI, envolvendo questões de fronteira.