Foi criado em 26 de setembro de 1867 por Dom Pedro II com a colaboração do surdo Huet.

Desde a sua criação no século XIX até os dias atuais o INES teve apenas dois diretores surdos.

Em 2016 o INES começou a ofertar o curso de Pedagogia Bilíngue Libras-Português em duas modalidades presencial e a distância. A instituição foi pioneira na oferta desse curso no Brasil.

Quando o Instituto Nacional de Educação de Surdos foi criado no Rio de Janeiro, antes do Congresso de Milão, a orientação predominante não era oralista, portanto não havia no currículo nenhuma disciplina voltada para o aprendizado da fala.

O INES foi a primeira escola para surdos criada no Brasil e durante muito tempo, formou alunos provenientes de diferentes estados, sendo, portanto, uma instituição que recebia muita demanda. Consta que nos primeiros anos, aproximadamente 150 alunos estudavam lá.