investigar uma comunidade microbiana de uma dada amostra por meio do sequenciamento de DNA, sendo dependente de cultivo laboratorial das populações presentes na amostra.

identificar genes vinculados à degradação ou utilização de compostos comumente ligados a atividades agrícolas (ex.: vias de utilização de benzoato, tolueno, cobre) presentes em uma microbiota. 

fazer o levantamento taxonômico de uma comunidade microbiana de uma amostra a partir de genes não conservados ao longo da história evolutiva, chamados de marcadores filogenéticos. 

comparar os dados de sequências de DNA independentemente de um banco de dados de referência, pois as análises de similaridade presentes nas análises metagenômicas minimizam os erros encontrados nos bancos de dados.