O Rio Araguaia constitui a única bacia hidrográfica relevante do estado, sendo responsável pelo abastecimento de água de todas as principais cidades mato-grossenses.

As nascentes dos principais rios que formam a Bacia Amazônica localizam-se exclusivamente na região norte do estado, sem conexão com as demais bacias hidrográficas.

O Rio Paraguai e seus afluentes formam um complexo sistema hidrográfico que influencia diretamente a dinâmica do Pantanal, com períodos alternados de cheia e vazante.

Bacia do São Francisco possui suas principais nascentes no território mato-grossense, sendo fundamental para o desenvolvimento da agricultura irrigada no estado.