O SISNAMA é constituído por órgãos e entidades da União, dos Estados, e do Distrito Federal, responsáveis pela proteção e melhoria da qualidade ambiental.

A atuação do SISNAMA efetivar-se-á mediante a articulação coordenada dos órgãos e entidades que o constituem, sendo que as normas e os padrões para fixar parâmetros de emissão, ejeção e emanação de agentes poluidores, poderão ser emitidos pelos Estados, apenas se não houver legislação Federal que os tenham fixado.

O SISNAMA tem como órgãos executores, o Instituto Brasileiro do Meio Ambiente e dos Recursos Naturais Renováveis (IBAMA) e o Instituto Chico Mendes de Conservação da Biodiversidade (ICMBio).

O órgão superior é o Ministério do Meio Ambiente e Mudança do Clima (MMA), com a função de assessorar o Presidente da República na formulação da política nacional e nas diretrizes governamentais para o meio ambiente e os recursos ambientais.

Compete ao Conselho Nacional do Meio Ambiente (CONAMA), estabelecer, mediante proposta do MMA, normas e critérios para o licenciamento de atividades efetiva ou potencialmente poluidoras.