possuem regime jurídico diverso, sendo a autarquia pessoa jurídica de direito público criada por lei, enquanto a empresa pública é pessoa de direito privado sujeita aos princípios da Administração Pública.

são, ambas, pessoas jurídicas de direito público criadas ou instituídas por lei específica que defina seu objeto e atribuições, para atender relevante interesse coletivo ou imperativo de segurança nacional.

submetem-se a regime jurídico hibrido, público ou privado, conforme, respectivamente, seu objeto seja a prestação de serviços públicos ou a exploração de atividade econômica.

possuem personalidade jurídica de direito privado, demandando autorização legislativa para sua criação e registro dos atos constitutivos de acordo com as regras do Direito Civil.

dependem de lei para autorizar sua criação, submetendo-se a empresa pública ao regime de direito público e sendo a autarquia dotada das mesmas prerrogativas do ente instituidor.