A legislação determina que cada órgão tenha um protocolo central, responsável por realizar exclusivamente as rotinas de recebimento e registro de documentos, e protocolos setoriais encarregados do controle de tramitação e da expedição de documentos de cada área.

O protocolo central do órgão deve manter controle da expedição de correspondência, de modo a ser capaz de informar sua localização aos usuários em tempo real.