Em razão da norma constitucional, todas as competências originárias e recursais do STJ devem ser exercitadas, necessariamente, pelo plenário ou pela Corte Especial, não cabendo ao regimento interno do tribunal dispor sobre a competência e funcionamento desse tribunal.

Excetuado o procurador-geral da República, que tem prerrogativa de foro perante o STJ, os membros do Ministério Público da União que atuem perante qualquer tribunal judiciário estão sujeitos à jurisdição penal originária dos tribunais regionais federais.

Funciona junto ao STJ o Conselho da Justiça Federal, ao qual cabe, na forma da lei, a supervisão administrativa e orçamentária da justiça federal de primeiro e segundo graus, como órgão central do sistema e com poderes correicionais, cujas decisões têm caráter vinculante.

O STJ tem atribuição jurisdicional para dirimir, em caráter originário, conflitos de competência quando instaurados entre turma recursal integrante do sistema de juizados especiais e qualquer dos tribunais locais.